Već od samog osnutka Varaždinske biskupije prvi je njezin biskup mons. Marko Culej mislio i na buduću knjižnicu pa se poskrbio za prikupljanje knjižne građe koja se stalno povećavala ostavštinama umrlih svećenika, donacijama i kupnjom. Brigu o tom početnom knjižnom fondu, tj. o knjižnici u nastajanju, 2002. godine povjerio je svećeniku Damiru Bobovcu.

Prilikom izgradnje biskupijskog kompleksa u Zagrebačkoj 3, predviđen je i prostor za knjižnicu, konkretno za čitaonicu i spremište, u koje je potom bila smještena postojeća građa, u međuvremenu povećana za ostatke ostataka knjižnice Zbornog kaptola čazmansko-varaždinskoga Sv. Duha. Sa sustavnom inventarizacijom, klasifikacijom, katalogizacijom i zaštitom građe počelo se 2009. zapošljavanjem stručnog kadra u osobi Irene Gotal, dipl. knjižničarke.

Ostvarenjem svih potrebnih uvjeta za njezin osnutak i registraciju knjižnica je službeno i formalno osnovana kao specijalna knjižnica u sastavu Varaždinske biskupije 30. studenoga 2012. dekretom biskupa mons. Josipa Mrzljaka. Tom je prilikom odobren i njezin pravilnik te imenovan personal Knjižnice (predstojnik, voditeljica, knjižnični odbor). Knjižnica, s obzirom na svoju narav, nabavlja građu uglavnom s područja teologije, religijskih znanosti, filozofije, povijesti, povijesti umjetnosti i graničnih područja.